La Reserva de la Biosfera de Río Plátano cubre un área de casi 800,000 hectáreas y está ubicado en la región llamado La Mosquitia, una región extendiendo 140km hacia el norte y sur y 100km. del este al oeste. Río Plátano, junto con otras áreas protegidas adyacentes como la Reserva de la Biosfera Tawahka- Asangni, P.N. Sierra de Agalta, la propuesta P.N. Patuca, la reserva biológica Rus Rus y Bosawas en Nicaragua forman el área silvestre más grande en Centroamérica. Esa región tiene una población muy pequeña con un estimado 3-5 personas/km². Debido a las alteraciones antropogénicas limitadas, el área ofrece oportunidades valiosas para ambos científicos y conservacionistas. Varias cuencas de La Mosquitia incluyendo Río Patuca, Río Plátano y Río Sikre quedan virtualmente desconocidos a los biólogos y es asumido que quedan prístinas. Las laderas y áreas tropicales bajas adyacentes han sido reconocidas por mucho tiempo como centros de endemismo y como laboratorios
naturales permitiendo la investigación de asuntos ecológicos y biogeográficos.
Investigación previa en La Mosquitia ha sido limitada en extensión debido al acceso del área y el gasto alto para llegar a ciertos lugares remotos.
La Mosquitia hondureña es el área más rica en biodiversidad que queda en el norte de Centroamérica debido a su aislamiento geográfico y ecosistemas extensivas. Sus bosques bajos extensos, picos aislados y cordilleras de piedra caliza, savannas extensas de pino/grama, e inmensas lagunas costeras juntos son únicos en Centroamérica y sirven como refugio para la mega fauna de la región como las Águilas Harpía y Crestudo, poblaciones grandes de ambas Guaras Rojas y Verdes y un número infinito de otros elementos de flora y fauna. Aunque algunos campos biológicos han tenido más atención que otros (mega fauna, aves, reptiles/anfibios) aún hay mucho que aprender y descubrir. El hecho que algunas especies de aves y mariposas, por ejemplo, se descubren aquí quienes tenían su rango de distribución desde Costa Rica hacia el sur demuestra que nuestro conocimiento en general sobre distribuciones le falta.
Todavía hay áreas adentro de esta biosfera donde ningún científico ha aventurado. La parte sur que contiene bosques de pino no han sido estudiados bien ni la mayoría de las montañas en el sur que comprenden la cuenca de Río Plátano. Esos áreas remotas y casi inaccesibles sin duda contienen una variedad de flora y fauna que sería nuevo para la ciencia.
El bosque poco alterado en esta reserva permite que muchas especies de fauna encuentren 
refugio, alimento y lugares de reproducción, dadas las condiciones ecológicas que presenta, especialmente su alta humedad, lo cual deriva en una diversidad de ecosistemas y hábitats que permiten la presencia y desarrollo de una rica diversidad de flora y fauna, mucha de ella aún desconocida, lo que la convierte en zona clave para la conservación de la biota hondureña, como parte importante dentro del ámbito geográfico de la iniciativa regional del Corredor Biológico Mesoamericano (CBM).
Aún es poca la información que se tiene sobre la biodiversidad presente en esta reserva, y no se cuenta con los suficientes datos para determinar el estado de conservación de muchas de las especies de fauna, por lo que se hace necesario un mayor esfuerzo investigativo en sitios representativos de los ecosistemas predominantes en la reserva. Dichos esfuerzos pueden ser evaluados sobre la base de las áreas absolutas y proporcionales de los diferentes tipos de bosque dentro de las reservas, clasificando los tipos de comunidades de fauna, y los usos de la tierra (incluyendo la identificación y mapificación de tipos de bosque), que suministre una base efectiva para la evaluación de los recursos y la planificación y ejecución de su manejo. En este aspecto, la realización de expediciones científicas son un buen primer paso para identificar sitios prioritarios de conservación y/o monitoreo, considerando las diferentes taxas (aves, mamíferos, reptiles, anfibios, insectos y plantas), para conseguir un buen indicador del estado de los sitios y poder a corto plazo monitorear a través del tiempo, y evaluar posibles cambios en las poblaciones de fauna, principalmente aquellas que se encuentran amenazadas de extinción, producto de la alteración de los ecosistemas por causas naturales o antropogénicas.
La reserva de Biosfera del Río Plátano se caracteriza por presentar aún una alta diversidad de mamíferos silvestres. La zona comprendida entre Las Cuevas y El Subterráneo presenta el hábitat con las mejores condiciones para la conservación de la biodiversidad en el paisaje (refugio, alimento y conectividad). Áreas como la ruta de Pico Dama por Las Marías son muy altas en diversidad de especies y contiene unas de las tasas más altas de especies concentradas en un área pequeña que he visto en todo el país.
El ensamblaje faunístico encontrado en el área, se considera de gran importancia nacional y regional, debido principalmente al buen estado de conservación que en general presenta la diversidad biológica que alberga, muchas de ellas representativas de la vertiente del Atlántico. Sin embargo, amenazas que aún persisten como el avance de la frontera agrícola y la cacería foránea y las actividades de fuego son las principales amenazas para la diversidad biológica del área de estudio; principalmente cuando dichos eventos se dan dentro de las áreas de mayor conservación o en las áreas adyacentes a los cuerpos de agua. Estas amenazas, deben de evitarse ya que podrían causar alteraciones drásticas en la abundancia y composición de la comunidad de algunos grupos importantes de animales -como murciélagos y carnívoros- y tener efectos profundos en la regulación biológica, o la dispersión de semillas y así, incidir en la diversidad de especies vegetales y la regeneración de muchas de ellas.
Conservar esta reserva dependerá del uso que se le dé en lo sucesivo, y el avance de la frontera agrícola principalmente en la zona de Olancho, y la cacería furtiva en el núcleo de la reserva, son sin duda, las amenazas más serias para la conservación de las especies de la biodiversidad de Río Plátano.
Con el apoyo financiero de la Agencia para el Desarrollo de La Mosquitia (MOPAWI) y del Proyecto Reserva Transfronteriza “Corazón” de la Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente (SERNA) un grupo de científicos nacionales y extranjeros expertos en este tema, realizaron una expedición de estudio en esta zona, durante el mes de junio del 2008, logrando valiosos resultados.
El Instituto de Conservación Forestal, Vida Silvestre y Áreas Protegidas (ICF), aunque no tiene personal técnico y científico experto en estos temas, debe financiar la contratación de investigaciones especializadas en Rio Plátano, conforme a las funciones y obligaciones que le establece la Ley Forestal.
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